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本篇主要是讨论经脉的根穴与结穴在治疗上的作用。根，是经脉之气始生之处；结，是经脉之气归结之地。本篇详述了足之三阴三阳经根结的部位与穴名，对应于开、阖、枢而具有的不同作用及其所主的疾病；又列举了手足三阳经各自之根、溜、注、人等部位的主穴。由于本篇的内容，着重于经络的根结本末与治疗的关系，所以篇名叫做"根结"。

本篇详细讨论了不同邪气侵袭人体时所伤及的不同部位以及中阴中阳的区别，列举了邪气中人的不同原因，阐述了察色、诊脉和察尺肤等在诊断上的意义及重要性。因本篇重点论述了邪气中人的原因以及五脏六腑为邪气所伤时出现的病形，故称为"邪气脏腑病形"。

本篇是将《灵枢·九针十二原》中有关讨论运用小针(微针)问题的内容，按其原文顺序，择要加以解释，并作进一步的注解和补充说明，所以篇名为"小针解"。

本篇重点讨论了五脏六腑与经脉之气在肘膝关节以下出人流注经过的部位，具体指出了每经井、荥、输、原、经、合各穴的名称与部位；另一方面，本篇也论及了脏腑相合的关系和作用，以及四时取穴的方法等等。由于本篇的内容，以详述五输穴为主，所以篇名为"本输"。

九针，是指古代针刺治疗所用的九种不同形状的针具；十二原，是指脏腑真气输注于体表的处所，也是治疗脏腑疾患的十二个要穴。本篇详细明确地介绍了九针的名称、形状以及不同的用途；介绍了十二原穴的名称及其各自所对应的脏腑，并说明了五脏六腑有病，可以分别取用相应的十二原穴来进行治疗的道理。所以本篇名为"九针十二原"。

本文系统总结了中医急救两大终极针法——回阳九针与十三鬼穴的临床应用精髓。回阳九针（哑门、劳宫等九穴）专治阳气暴脱的濒死状态，通过有序针刺（尤重中脘枢纽）争取30分钟"回光返照"时间，适用于现代急救医学的黄金抢救期；十三鬼穴（人中、少商等十三穴）则承袭孙思邈古法，严格按序施针并分男女补泻（男左转/女右转），专攻痰迷心窍所致的精神分裂、癔症等情志重症。二者均体现中医"救逆固脱"的终极治疗思想：前者以阳救阴维系生命之火，后者以序贯刺激涤荡痰浊邪祟。临床强调"常规疗法无效时启用"的原则，并需配合医者自身养生（拍八虚排毒、揉耳通阳）以保持施术能量。这两套针法共同构成了传统中医从生理到心理的完整急救体系，至今在临终关怀与精神重症领域仍具不可替代的价值。